Mokestiniai ginčai (pagal MAĮ 2 str. 20 d., tai ginčai, kylantys tarp mokesčių mokėtojo ir mokesčių administratoriaus dėl sprendimo dėl patikrinimo akto tvirtinimo ar kito panašaus pobūdžio sprendimo, pagal kurį mokesčių mokėtojui naujai apskaičiuojamas ir nurodomas sumokėti mokestis, taip pat dėl mokesčių administratoriaus sprendimo atsisakyti grąžinti (įskaityti) mokesčio permoką (skirtumą)) privalomai nagrinėjami ikiteismine tvarka.​

Tai reiškia, kad teisė kreiptis į administracinį teismą dėl mokestinio ginčo (bylos dėl mokestinių ginčų pagal Lietuvos Respublikos administracinių bylų teisenos įstatymo 15 str. 1 d. 4 punktą yra priskirtos administracinių teismų kompetencijai) atsiranda tik tada, kai mokesčių mokėtojas laikėsi MAĮ nustatytos išankstinės ginčo nagrinėjimo tvarkos.​

Reklama (banerį galite išjungti užsiregistravę)

Mokestinių ginčų ikiteisminę nagrinėjimo procedūrą (apskundimo tvarką, skundus nagrinėjančias institucijas, jų teises ir pareigas, skundo turinio išdėstymo reikalavimus ir pan.) nustato MAĮ IX skyrius.

Mokestinius ginčus ikiteismine tvarka nagrinėja centrinis mokesčių administratorius ir Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės.​ ​

Mokesčių mokėtojas, apskųsdamas mokesčių administratoriaus sprendimus neatleisti nuo delspinigių (MAĮ 100 str.), neatleisti nuo baudų mokėjimo (žr. MAĮ 141 straipsnio komentarą), įskaityti mokestinę permoką (MAĮ 87 str.), privalo laikytis MAĮ IX skyriuje numatytos ikiteisminės mokestinių ginčų nagrinėjimo procedūros.​

Mokesčių mokėtojas rašytinį skundą centriniam mokesčių administratoriui turi paduoti ne vėliau kaip per 20 dienų nuo vietos mokesčių administratoriaus skundžiamo sprendimo įteikimo mokesčių mokėtojui dienos. Terminų skaičiavimo ir dokumentų įteikimo tvarka nustatyta MAĮ X skyriuje.​

Nesutikdamas su centrinio mokesčių administratoriaus sprendimu, mokesčių mokėtojas turi teisę jį apskųsti Mokestinių ginčų komisijai. Mokesčių mokėtojo rašytinis skundas Mokestinių ginčų komisijai paduodamas ne vėliau kaip per 20 dienų nuo centrinio mokesčių administratoriaus skundžiamo sprendimo įteikimo mokesčių mokėtojui dienos.​

Tuo atveju, kai centrinis mokesčių administratorius per MAĮ 154 str. 3 dalyje nustatytą terminą (30 arba 60 dienų) nepriėmė sprendimo dėl mokestinio ginčo, mokesčių mokėtojas turi teisę rašytinį skundą Mokestinių ginčų komisijai paduoti per 20 dienų nuo termino sprendimui dėl mokestinio ginčo priimti pasibaigimo dienos. Mokesčių mokėtojas turi rūpintis sužinoti, kada centrinis mokesčių administratorius jo skundą gavo, nes skundo dėl mokestinio ginčo išnagrinėjimo terminas pradedamas skaičiuoti nuo skundo įteikimo centriniam mokesčių administratoriui dienos.

Mokesčių mokėtojo, praleidusio įstatymo nustatytą skundo padavimo terminą, prašymu šis terminas ikiteisminės mokestinį ginčą nagrinėjančios institucijos (centrinio mokesčių administratoriaus arba Mokestinių ginčų komisijos) sprendimu gali būti atnaujintas, jeigu prašyme nurodytas skundo padavimo termino praleidimo priežastis šios institucijos pripažįsta svarbiomis.​ ​

Svarbia priežastimi gali būti mokesčių mokėtojo ar jo atstovo liga, šeimos nario ar artimo giminaičio mirtis, nenugalimos jėgos („force majeure“) aplinkybės ir kitos aplinkybės, kurias mokesčių administratorius ar Mokestinių ginčų komisija pripažįsta svarbiomis ir sutrukdžiusiomis mokesčių mokėtojui skundą paduoti per MAĮ nustatytus terminus.

Svarbiomis priežastimis laikomos aplinkybės, kurios faktiškai apsunkino ar apribojo mokesčių mokėtojo galimybes pasinaudoti savo teisėmis, kai nenustatoma mokesčių mokėtojo nerūpestingumo ar aplaidumo, susijusio su termino praleidimu.​

Mokesčių mokėtojas kartu su prašymu turėtų pateikti ir prašomų pripažinti svarbiomis priežasčių, patvirtinimo dokumentus.​

Kartu su prašymu atnaujinti skundo padavimo terminą mokesčių mokėtojas turi paduoti ir skundą, kurio padavimo terminas yra praleistas. Prašymas atnaujinti skundo padavimo terminą gali būti nurodomas pačiame skunde.

Mokesčių mokėtojo prašymas turi būti išnagrinėtas per skundui, paduotam dėl mokestinio ginčo, išnagrinėti nustatytą terminą.

Centriniam mokesčių administratoriui ar Mokestinių ginčų komisijai priėmus sprendimą atnaujinti praleistą terminą skundui paduoti, skundo dėl mokestinio ginčo išnagrinėjimo terminas skaičiuojamas nuo sprendimo dėl termino atnaujinimo priėmimo dienos.​

Jeigu skundas laikomas nepaduotu ir grąžinamas jį padavusiam mokesčių mokėtojui dėl to, kad skundo padavimo terminas yra praleistas, o mokesčių mokėtojas skundo padavimo termino neprašo atnaujinti, mokesčių mokėtojas tai pačiai ikiteisminei mokestinį ginčą nagrinėjančiai institucijai gali pakartotinai paduoti skundą kartu su prašymu atnaujinti skundo padavimo terminą.

Jeigu skundas laikomas nepaduotu ir grąžinamas jį padavusiam mokesčių mokėtojui dėl to, kad prašymas atnaujinti praleistą skundo padavimo terminą yra nepatenkinamas, tai ikiteisminės mokestinį ginčą nagrinėjančios institucijos sprendimas, kuriuo nepatenkinamas prašymas atnaujinti skundo padavimo terminą, gali būti apskųstas Lietuvos Respublikos administracinių bylų teisenos įstatymo nustatyta tvarka. ​

Skundo grąžinimas, kai mokesčių mokėtojas neprašė atnaujinti jo padavimo termino, gali būti apskųstas tokia pat tvarka.​