Lietuvos vieneto pelno mokesčio bazė yra visos Lietuvoje ir užsienio valstybėse uždirbtos pajamos, kurių šaltinis yra Lietuvoje ir ne Lietuvoje. Per Lietuvos vieneto nuolatines buveines, esančias Europos ekonominės erdvės valstybėse arba valstybėse, su kuriomis Lietuva yra sudariusi ir taiko dvigubo apmokestinimo išvengimo sutartis, vykdomos veiklos pajamos nepriskiriamos Lietuvos vieneto pelno mokesčio bazei, jeigu per šias nuolatines buveines vykdomos veiklos pajamos nustatyta tvarka apmokestinamos pelno mokesčiu ar jam tapačiu mokesčiu tose valstybėse. Į Lietuvos vieneto pajamas taip pat įskaitomos jo kontroliuojamojo užsienio vieneto pozityviosios pajamos arba jų dalis PMĮ 39 str. nustatyta tvarka. Į Lietuvos vieneto, Europos ekonominių interesų grupės (toliau – EEIG) dalyvio, pajamas turi būti įskaitomos EEIG pajamos (PMĮ 391 str.).

Nuo 2020 m. mokestinio laikotarpio mokestinės tvarkos neatitikimu laikoma situacija, kai dėl skirtingo finansinių priemonių, pagal jas atliktų mokėjimų ar jų perleidimo kvalifikavimo, taip pat vienetų, nuolatinių buveinių ar joms priskiriamų pajamų (sąnaudų) teisinio reglamentavimo ar traktavimo mokesčių tikslais skirtingose valstybėse įvyksta:

Reklama (banerį galite išjungti užsiregistravę)

• dvigubas mokėjimo sumos atskaitymas – asocijuotų asmenų arba pagal struktūrinį susitarimą atlikto mokėjimo suma atskaitoma iš pajamų dviejose valstybėse arba
• mokėjimo sumos atskaitymas, bet ši suma neįtraukiama į apmokestinamąsias pajamas – vienoje valstybėje mokėjimo suma atskaitoma iš pajamų, o kitoje – neįtraukiama į apmokestinamąsias pajamas.

PMĮ, atsižvelgiant į mokestinės tvarkos neatitikimo pobūdį, įtvirtinamos šios mokestinės tvarkos neatitikimus neutralizuojančios taisyklės:

• vieneto mokesčio bazei priskiriama bet kokia gauta mokėjimo suma, kuri, jeigu yra mokestinės tvarkos neatitikimas, atskaitoma mokėjimo valstybėje, tačiau neįtraukiama į pajamas taikant PMĮ nuostatas (PMĮ 4 str. 6 d. 3 p.);
• kai yra mokestinės tvarkos neatitikimas, kurio pasekmė yra dvigubas mokėjimo sumos atskaitymas iš pajamų dviejose valstybėse, neleidžiamiems atskaitymams priskiriama vieneto mokėjimo suma, atskaitoma iš pajamų užsienio valstybėje (PMĮ 31 str. 3 d.);
• kai yra mokestinės tvarkos neatitikimas, kurio pasekmė yra mokėjimo sumos atskaitymas iš pajamų vienoje valstybėje, kai mokėjimo suma neįtraukiama į apmokestinamąsias pajamas kitoje valstybėje, vieneto atlikto mokėjimo suma priskiriama neleidžiamiems atskaitymams (PMĮ 31 str. 4 d.);
• tuo atveju, kai Lietuvos vienetas tuo pačiu metu laikomas pelno mokesčio ar jam tapataus mokesčio mokėtoju vienoje ar keliose užsienio valstybėse ir dėl šios priežasties Lietuvos vieneto atliekamo mokėjimo suma atskaitoma iš pajamų dviejose ar daugiau valstybių, toks Lietuvos vieneto atliktas mokėjimas priskiriamas neleidžiamiems atskaitymams (PMĮ 31 str. 5 d.);
• vieneto mokėjimas, kuriuo tiesiogiai arba netiesiogiai, sudarant asocijuotų asmenų tarpusavio sandorį ar kelis sandorius, arba pagal struktūrinį susitarimą finansuojamos užsienio valstybėje atskaitomos išlaidos ir tai lemia mokestinės tvarkos neatitikimą, priskiriamas neleidžiamiems atskaitymams, išskyrus atvejus, kai vienoje iš valstybių, susijusių su asocijuotų asmenų tarpusavio sandoriu ar keliais sandoriais arba struktūriniu susitarimu, panaikinamos mokestinės tvarkos neatitikimo pasekmės neleidžiant atskaityti mokėjimo sumos arba ją įtraukiant į apmokestinamąsias pajamas (PMĮ 31 str. 6 d.).